X-Men '97, olağanüstü güçlere sahip mutantlardan oluşan X-Men ekibinin, kendilerinden korkan ve onları dışlayan bir dünyayı koruma mücadelesini konu alır. Bu kez kahramanlar, alıştıkları tehditlerin çok ötesine geçen beklenmedik bir gelecek ile yüzleşmek zorunda kalır. Tehlikenin giderek büyüdüğü bu yeni dönemde ekip, hem insanlığı savunmak hem de mutantların var olma hakkını korumak için sınırlarını sonuna kadar zorlar.